Специальному агенту Дане Скалли, доктору и преподавателю академии ФБР в Вирджинии, поручают работу в паре с агентом Фоксом Малдером над проектом «Секретные материалы», архивом таинственных, нерешённых дел ФБР, которые зачастую связаны с паранормальными явлениями, случаями вампиризма и оборотничества, нападением генетических мутантов, свидетельствами о похищении людей пришельцами…
Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению. В своих дискуссиях Малдер и Скалли не столько стараются убедить друг друга, сколько получают удовольствие от самого общения. Постепенно первоначальное взаимное недоверие перерастает в дружбу, а чуть позже и в более глубокое чувство.